• La apertura no se realizó como institución educativa sino como cárcel de manera provisional donde encerraron a los pocos samarios que se atrevieron a declararse libres de España, entre ellos el religioso Santiago Pérez Mazenett quien sería su futuro rector pero luego fueron trasladados al fuerte de la isla del Morro convertido en prisión de donde se fugó en 1813.

• A lo largo del siglo XIX, el edificio del Seminario Conciliar se constituyó en un hito arquitectónico, escenario de las actividades culturales de la ciudad, involucrado en conflictos políticos y desastres naturales como el "terremoto de 1834" y que destruyó más de 100 casas según el viajero francés Elisée Reclus (1855).

• En 1842 cuando llegaron los delegados de Venezuela a llevar a su patria los restos del Libertador, el gobernador Joaquín Posada Gutiérrez les ofreció una atención el 19 de noviembre, en el magnífico edificio de Santa Marta, llamado el Seminario San Juan Nepomuceno, y en su mayor sala ofreció un banquete de 60 cubiertos, por autorización del gobierno, para hacer ese gasto por cuenta del tesoro público. Durante la comida una orquesta tocó hasta las 10 de la noche. El edificio se ilumino desde las 7:00 p.m. y el público fue invitado a pasear por los patios, galerías o corredores.

• El edificio no ha sufrido destrozos por otros desastres naturales como el pavoroso incendio del 1 de mayo de 1892 que acabó con muchas edificaciones en la ciudad, y la inundación del río Manzanares cuando se desbordó inundando a Santa Marta, recordado como el "ciclón del 94" .

• Desde sus orígenes el color original como pintura general de la casa fue en ocre amarillo.